В связи с истечением срока полномочий директора Федерального государственного бюджетного учреждения Архива РАН и в соответствии с Уставом РАН, Уставом Архива РАН, Основными принципами организации и деятельности научно-исследовательского института РАН 21 марта 2013 г. в Архиве РАН состоялись выборы директора на новый срок. На эту должность научным коллективом Архива РАН была предложена кандидатура кандидата исторических наук Виталия Юрьевича Афиани. 29 мая общим собранием Отделения историко-филологических наук РАН В.Ю. Афиани избран директором Архива РАН на пять лет и утвержден на должность решением Общего собрания Российской академии наук.
17 июня Ученый совет Архива РАН избрал на новый срок заместителя директора по научной работе - кандидата исторических наук Ирину Николаевну Ильину. 19 июня решением Бюро Отделения историко-филологических наук РАН И.Н. Ильина утверждена на должность заместителя директора по научной работе Архива РАН. Ученым секретарем Архива РАН избрана кандидат исторических наук Надежда Михайловна Осипова.
Одновременно состоялись выборы Ученого совета Архива РАН. В новый состав Ученого совета вошли: директор Архива РАН В.Ю. Афиани, чл.-корр. РАН Ю.М. Батурин, чл.-корр. РАН В.И. Васильев, д.т.н. Г.Г. Григорян, к.и.н. Е.В. Злобин, д.и.н. С.С. Илизаров, к.и.н. И.Н. Ильина, к.и.н. М.Ю. Киселев, чл.-корр. РАН В.П. Козлов, к.и.н. Е.В. Косырева, д.и.н. М.В. Ларин, председатель Совета молодых ученых АРАН С.А. Лиманова, ст.н.с. Н.В. Литвина, к.и.н. А.В. Мельников, академик РАН В.С. Мясников, к.и.н. Н.М. Осипова, зав. лабораторией Н.Ф. Паламарь, чл.-корр. РАН Е.И. Пивовар, академик Ю.А. Рыжов, к.и.н. И.Г. Тараканова, чл.-корр. РАН А.Г. Толстиков, д.и.н. А.А. Чернобаев, ст.н.с. Ю.В. Щепанская.
