С 1 октября 2006 г. в Архиве Российской академии наук была введена новая структура в соответствии с постановлением Отделения историко-филологических наук РАН от 16 февраля 2005 г. и решением Ученого совета АРАН. В результате реорганизации созданы три центра, в состав которых входят группы по направлениям деятельности Архива, и Эксплуатационно-технический отдел. Настоящая структура выглядит так:

Центр создания ретроспективной базы информации в составе: а) группы комплектования учреждений РАН и б) группы комплектования личными фондами ученых и их научного описания.

Центр обеспечения сохранности и учета документов в составе: а) группы обеспечения сохранности и учета документов и б) лаборатории биохимической защиты и реставрации документов.

Центр истории Академии наук, документной информации и музейно-выставочной деятельности в составе: а) группы истории Академии наук и б) группы документной информации и музейно-выставочной деятельности.

Эксплуатационно-технический отдел в составе: а) группы эксплуатации здания и б) группы по обеспечению компьютерных систем. Каждый научный центр возглавляет руководитель-координатор, который отвечает за организацию и исполнение работ во вверенной ему области архивной деятельности.