С 1 октября 2006 г. в Архиве Российской академии наук была введена новая структура в соответствии с постановлением Отделения историко-филологических наук РАН от 16 февраля 2005 г. и решением Ученого совета АРАН. В результате реорганизации созданы три центра, в состав которых входят группы по направлениям деятельности Архива, и Эксплуатационно-технический отдел.