География научных архивов – вся Россия: от Кольского полуострова до Владивостока. Архив РАН в Москве и его Санкт-Петербургский филиал, научно-отраслевые архивы учреждений РАН-ФАНО по всей стране, архивы региональных отделений (Дальневосточного, Сибирского и Уральского) и многочисленных региональных научных центров РАН-ФАНО – источники комплектования ведомственного  Архивного фонда на современном этапе. Они отражают фундаментальную роль науки, региональную специфику научных исследований, «частное» в целостной картине деятельности научных учреждений России.

В соответствии с Положением об Архивном фонде Российской академии наук (РАН) в системе академических учреждений сложилась сеть научных архивов с постоянным, постоянно-переменным и временным составом документальных материалов:

• с постоянным составом документов – центральные архивы в регионах, которым законодательно предоставлено право, осуществлять хранение документальных комплексов;
• с постоянно-переменным составом документов (или научно-отраслевые) – архивы учреждений, которые передают научно-организационную документацию своего НИИ в центральный архив на общих основаниях, а часть итоговой или «первичной» научной документации (документы или источники, созданные/образовавшиеся в результате научно-исследовательской и собирательской деятельности), оставляют на хранении в архиве для использования в служебной деятельности;
• с переменным составом документов – большая часть архивов НИИ РАН-ФАНО, которые осуществляют временное хранение документальных комплексов, образовавшихся в деятельности их учреждения; по истечении сроков хранения, документы передаются в соответствующий академический архив на постоянное хранение.

Система научных архивов РАН-ФАНО представляет собой структуру, которая формируется по региональному признаку концентрации архивных учреждений.